使用COVID-19值集进行患者识别

自世界卫生组织2020年3月11日，世界卫生组织(WHO)宣布2019冠状病毒病(COVID-19)为大流行，美国已成为该疾病的中心。¹虽然数字继续增加，但确诊病例已达4710282例¹超过了西班牙、意大利、德国、法国和中国的全国病例数。这次大流行突出了一个事实，即美国医疗保健系统没有为如此大规模的健康危机做好准备。²电子病历和实验室信息系统(LISs)已成为疾病监测和管理的公共卫生工具。医院正在努力促进信息在其组织内部和地方、州和联邦当局的广泛分发，以成功地管理这种新型感染。

此外，有关检测试剂盒、呼吸机和个人防护设备(PPE)稀疏的报告迫切需要一种计算喘喘能力需求的方法。^3.EHR数据有显著差异，需要信息学工具来确定疑似SARS-Cov2感染和确诊COVID-19感染的患者。为了为COVID-19数据库构建可扩展模型，我们构建了一种详细的方法，利用启发式方法捕获确诊和疑似病例。

根据疾控中心提供的指导，^4、5谁,^6、7AMA,⁸NLM VSAC,⁹AAPC¹⁰我们提出了定义确诊和疑似COVID-19患者登记的两个患者队列的值集，并进一步分层为三个置信度水平:疑似高置信度、疑似中等置信度和疑似低置信度。这些值集基于ICD-10-CM代码(补充表2)，随着我们对COVID-19了解的加深，以及临床实践随着时间的变化，这些值集将继续发展。使用使用上述值集定义的注册表的四个患者队列，可以研究患者护理结果。

方法

我们开发了改进的指标，将诊断代码分为六个值集之一(Diagnosis-Grain)，并在此基础上添加了额外的逻辑，将患者分为四种诊断类别(Patient-Grain)，以表示不同程度的诊断确定性。该量表使用Health Catalyst Touc世界杯葡萄牙vs加纳即时走地hstone®数据开发，目的是捕捉实验室检测不易识别的疑似C-19患者，以及在广泛采用ICD-10代码U07.1用于确诊COVID-19之前的情况，ICD-10代码U07.1于2020年4月1日发布用于使用。

Diagnosis-Grain:

1)确认COVID-19
2)病毒暴露
3) Coronavirus-related
4)新冠肺炎相关诊断
5)严重相关COVID-19诊断
6) COVID-19症状

Patient-Grain(图1):

1)确认COVID-19
2)怀疑:高度自信
3)疑似:中度自信
4)怀疑:信心不足

图1所示。建议使用值集使用COVID-19分类逻辑生成COVID-19患者队列

CDC和健康催化剂值集之间的主要区别:世界杯葡萄牙vs加纳即时走地

值集:新冠肺炎确诊患者

确认的队列删除了ICD-10代码B97.29“其他冠状病毒作为其他分类疾病的原因”，因为该代码捕获了所有冠状病毒(包括并除COVID-19)。世界各地的人通常感染人类冠状病毒229E、NL63、OC43和HKU1。通过使用ICD-10代码B97.2，还捕获了其他人类冠状病毒。在我们的诊断逻辑中，有此代码的患者被归类为“疑似:高置信度”如果他们没有非covid -19冠状病毒实验室检测呈阳性。

	CDC值集:COVID-19确认		世界杯葡萄牙vs加纳即时走地健康催化剂值集:COVID-19确认
U07.1	COVID-19病毒感染	U07.1	COVID-19病毒感染
B97.29	其他冠状病毒作为疾病的原因分类在其他地方		讨论U07.2 CODE (HCAT正在进行进一步讨论)

取值范围:关联诊断

相关的增加额外的ICD-10代码，捕获与CDC指南中记录的相同或类似的诊断，但扩展到超出CDC指南中记录的特定ICD-10代码。这是为了解释不同卫生系统的临床医生对ICD-10代码的不同使用情况。该值集旨在捕获COVID-19的诊断特征(严重程度中等，因为轻症状和严重并发症被捕获在单独的值集中)。两个代码已移动到Health Catalyst严重诊断值集，以便在世界杯葡萄牙vs加纳即时走地病人-谷物诊断逻辑中使用。

	CDC值集:COVID-19相关诊断		世界杯葡萄牙vs加纳即时走地健康催化剂价值集:COVID-19相关诊断
A41.89	其他指定的脓毒症		A41.89被移至“严重”值设置
		J06.9	急性上呼吸道感染，不明
J12.89	其他病毒性肺炎	J12.89	其他病毒性肺炎
		J12.9	病毒性肺炎,未指明的
		J18.9	肺炎、不明生物
J20.8	其他特定有机体引起的急性支气管炎	J20.8	其他特定有机体引起的急性支气管炎
		J20.9	急性支气管炎,不明
J22	不明急性下呼吸道感染	J22	不明急性下呼吸道感染
J40	支气管炎，不区分急性或慢性	J40	支气管炎，不区分急性或慢性
J80	急性呼吸窘迫综合征		J80被移动到“严重”值设置
J98.8	其他特定的呼吸系统疾病	J98.8	其他特定的呼吸系统疾病

值集:疑似COVID-19患者

世界杯葡萄牙vs加纳即时走地Health Catalyst值集将以下代码放在不同的值集中，以便允许患者-颗粒诊断逻辑需要额外的元素，以增加这些代码不代表非c -19冠状病毒的可信度。在临床上，这些代码将与其他诊断代码一起使用。我们的价值集合不包括ICD-10代码Z03.818“因疑似接触被排除的其他生物制剂而进行观察”作为本代码的指导，将用于记录案例排除。

世界各地的人通常感染人类冠状病毒229E、NL63、OC43和HKU1。请参阅https://www.cdc.gov/coronavirus/types.html用于通过使用ICD-10编码B34.2和B97.2捕获的其他人类冠状病毒。

	CDC值集:疑似COVID-19	世界杯葡萄牙vs加纳即时走地健康催化剂值集:疑似COVID-19
B34.2	冠状病毒感染,未指明的	*移动到“冠状病毒相关”的值集
B97.2	与sars相关的冠状病毒是其他分类疾病的原因	*移动到“冠状病毒相关”的值集
Z03.818	排除了与其他生物制剂接触进行观察的可能性	*Removed -表示case排除
Z20.828	接触和(怀疑)接触过其他病毒性传染病*	*转移到“病毒式曝光”的价值设定

价值集:与冠状病毒相关的和病毒接触

这个值集中的代码在CDC值集“suspect”中找到，但是为了病人-谷物逻辑的目的，它们被移到自己的值集中。

	世界杯葡萄牙vs加纳即时走地健康催化剂价值设定:病毒暴露
Z20.828	接触和(疑似)接触过其他病毒性传染病(不专属于COVID-19)
	世界杯葡萄牙vs加纳即时走地健康催化剂Coronavirus-Related
B34.2	冠状病毒感染，未指明(不是针对C-19)
B97.21	sars相关冠状病毒作为其他分类疾病的原因(不特定于C-19)
B97.29	其他被分类为其他疾病原因的冠状病毒(不特定于C-19)

值集:严重相关COVID-19诊断

的其他值集一起使用Patient-Grain诊断逻辑帮助识别那些出现了与C-19相关的严重症状/并发症，可能需要医院级护理的患者，除了其他已知的C-19症状和/或相关诊断。这是文献中一些最常见的COVID-19严重并发症的汇编。

	世界杯葡萄牙vs加纳即时走地健康的催化剂:严重相关COVID-19诊断
A41.89	其他指定的脓毒症
A41.9	败血症,不明生物
I50	心脏衰竭
I50.1	左心室衰竭，未指明
I50.20	未指明的收缩性(充血性)心力衰竭
I50.21	急性收缩性(充血性)心力衰竭
I50.23	急性慢性收缩性(充血性)心力衰竭
I50.3	舒张性(充血性)心力衰竭
I50.30	未指明的舒张性(充血性)心力衰竭
I50.31	急性舒张性心力衰竭
I50.33	急性慢性舒张性(充血性)心力衰竭
I50.40	未指明合并收缩期(充血性)和舒张期(充血性)心力衰竭
I50.41	急性合并收缩期(充血性)和舒张期(充血性)心力衰竭
I50.42	慢性收缩期(充血性)和舒张期(充血性)心力衰竭
I50.43	急性合并慢性收缩期(充血性)和舒张期(充血性)心力衰竭
I50.810	右心衰，不明
I50.811	急性右心衰
I50.813	急性慢性右心衰
I50.814	左心衰竭导致右心衰竭
I50.82	摘要心脏衰竭
I50.83	高输出量心力衰竭
I50.89	其他心脏衰竭
I50.9	心脏衰竭,不明
I51.3	心内血栓形成，其他未分类
I51.4	心肌炎,不明
I51.5	心肌变性
I51.9	心脏病,不明
J80	急性呼吸窘迫综合征
R06.03	急性呼吸窘迫
R65.11	非传染性来源的全身炎症反应综合征(SIRS)伴急性器官功能障碍
R65.20	非感染性来源的全身炎症反应综合征(SIRS)伴急性器官功能障碍，无感染性休克
R65.21	非传染性来源的全身炎症反应综合征(SIRS)，伴有急性器官功能障碍，并伴有感染性休克

值集:COVID-19症状

的其他值集一起使用Patient-Grain诊断逻辑来帮助识别那些有C-19症状的患者除了其他已知的C-19严重并发症和/或相关诊断。本文收集了文献中提到的一些最常见的COVID-19症状和新出现的症状。

	世界杯葡萄牙vs加纳即时走地健康催化剂值集：COVID-19症状
H10	结膜炎
H10.011	急性滤泡性结膜炎，右眼
H10.012	急性滤泡性结膜炎，左眼
H10.013	急性滤泡性结膜炎，双侧
H10.019	急性滤泡性结膜炎，不明眼部
H10.021	其他粘液脓性结膜炎，右眼
H10.022	其他粘液脓性结膜炎，左眼
H10.023	其他黏液脓性结膜炎，双侧
H10.029	其他粘液脓性结膜炎，不明眼部
H10.231	浆液性结膜炎，右眼，病毒性除外
H10.232	病毒性结膜炎除外，左眼为浆液性结膜炎
H10.233	浆液性结膜炎，病毒性除外，双侧
H10.239	浆液性结膜炎，病毒性除外，不明眼部
H10.30	不明急性结膜炎，不明眼部
H10.31	不明急性结膜炎，右眼
H10.32	不明急性结膜炎，左眼
H10.33	不明急性结膜炎，双侧
H10.89	其他结膜炎
H10.9	未指明的结膜炎
M79.10	肌痛,不明网站
R05	咳嗽
R06.0	呼吸困难
R06.00	呼吸困难、未指明的
R06.01	端坐呼吸
R06.02	呼吸急促（气促）
R06.03	急性呼吸窘迫
R06.09	其他形式的呼吸困难
R07.0	喉咙痛
R07.1	呼吸时胸痛
R07.2	心窝的痛苦
R07.8	其他胸部疼痛
R07.81	胸膜痛
R07.82	肋间的疼痛
R07.89	其他胸部疼痛
R07.9	胸痛、未指明的
R43.0	嗅觉缺失症
R43.1	嗅觉倒错
R43.2	味觉倒错
R43.9	嗅觉和味觉的不明紊乱
R50	其他原因不明的发烧
R50.81	出现在别处分类的症状的发烧
R50.9	发烧,不明
R51	头疼
R53	不适和疲劳

实验室测试知识管理

部分由于实验室检测的关键诊断重要性，实验室检测结果数据是了解患者临床状态和监测患者群体的关键。然而，在EHR系统中，实验室测试结果数据通常存储在实验室测试类型和测试结果值的本地代码或字符串中，而不是来自广泛标准化术语的代码，如LOINC(逻辑观察标识符名称和代码)。¹⁹在这种情况下，需要在大量实验室结果数据上自动确定实验室测试的类型和结果值的含义，而无需在实验室结果数据来源的各种电子病历系统之间使用统一的标准实验室术语。

在本研究中，建立了一个实验室测试知识管理工作流(图2)，以便为识别实验室测试类型和理解来自多个EHR系统的实验室结果数据记录中表示的实验室结果值提供知识库。这个实验测试知识管理工作流如下图所示。该知识库由多个电子病历系统的许多实验室结果记录积累而成，可自动对实验室结果(阳性、阴性、待处理、模糊、检测问题、未映射)和实验室检测类型(检测新冠病毒材料、检测新冠病毒抗体)进行分类。该分类系统非常方便用于分析，以发现感兴趣的模式，例如，COVID-19确诊或疑似患者的数据。协调的实验室结果值集允许快速自动使用易于理解的数据(即阳性和阴性结果值)，识别可能用于附加数据管理的结果(即未映射的结果)，并能够选择检查可能仍在进行或不可用(即等待)的患者。

图2。实验室测试知识管理工作流

参考文献

1. 约翰霍普金斯冠状病毒资源中心。COVID-19地图(互联网)。[引用2020 May18]。
2. Lipsitch M, Swerdlow DL, Finelli L.定义Covid-19流行病学——需要进行的研究。2020年3月26日;382(13):1194-1196。doi: 10.1056 / NEJMp2002125。
3. 应对COVID-19大流行的医院经验:2020年3月23日至27日全国脉搏调查结果．美国卫生与公众服务部监察长办公室。[引自2020年4月10日]。
4. COVID-19临床表征协会电子健康档案。[引自2020年5月21日]。
5. 疾病控制和预防中心。人类感染2019新型冠状病毒的调查人员(PUI)和病例报告表．[引自2020年4月10日]。
6. 世界卫生组织。在COVID-19疾病爆发时紧急使用ICD代码．[引自2020年5月21日]。
7. ICD-10编码新冠病毒．世界卫生组织。[引自2020年5月21日]。
8. 美国医学协会。2019冠状病毒病编码与指导．[引自2020年5月21日]。
9. 国家医学图书馆。VSAC中的COVID-19值集。[引自2020年5月21日]。
10. 美国专业程序员学会。2019冠状病毒病:你们的医疗编码和合规总部[引自2020年5月21日]。

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